獨棟別墅交易稅費按照非普通住宅標準進行稅費繳納，需要繳納的稅種包括個稅、契稅及營業稅。契稅是在土地、房屋權屬發生轉移的時候，向取得土地使用權、房屋權的單位和個人徵收的一種稅。因此，別墅也是需要繳納契稅的，契稅應由取得土地使用權、房屋權的一方繳納，且稅率等政策對商品房和回遷房的規定和要求是一樣的。
按照相關的法律規定，契稅的納稅義務的發生時間，為納稅人簽訂土地、房屋的權屬轉移合同的當天，或者試納稅人取得其他的具有土地、房屋權屬合同性質的憑證的當天。也就是說，契稅應該是在辦理房產證的時候繳納。在實際操作中，有的開發商則表示，實際上通常的做法是在收樓時由開發商來代收契稅。一般來說開發商在與購房人簽訂購房合的同時，會在補充協議裡來約定購房人在收房時向開發商一次性交納契稅，否則不交房。
