第一，從級別上來看，總督一般是正二品，但巡撫一般是從二品。總督和巡撫都都有另加銜，但一般情況下，即使是有另加銜，總督另加“尚書銜”，兼都察院右都御史。而巡撫卻為“侍郎銜”，兼都察院右副都御史。
第二，巡撫一般僅負責一個省的行政事務。儘管清朝全國有23個省，但總督只設有八名，通常都會管理數省。
第三，督撫、巡撫雖然沒有名義上的隸屬關係，但是，如果一旦出現督撫同城的情況，巡撫不得不處處小心。所以，相對而言，當時，也只有河南巡撫因為它上無總督，而被譽為巡撫當中的第一肥缺。
第四，總督側重軍事，巡撫側重民政。
