軍機處具有不存定製，軍機處辦公的地方不稱衙署，僅稱“值房”。軍機處的辦事效率很高。軍機處對保密規制進行強行規定。
1、不存定製
軍機處辦公的地方不稱衙署，僅稱“值房”。軍機大臣的值房稱為“軍機堂”，初僅板屋數間，後來才改建瓦屋。軍機章京的值房，最初僅屋一間半、後來才有屋五間。軍機處也無專官，軍機大臣、軍機章京都是以原官兼職，皇帝可以隨時令其離開軍機處，回本衙門。
2、執行高效
軍機處的辦事效率很高。根據內閣制度，下屬官員有事題奏，或皇帝頒發詔旨，都是經過層層機構，輾轉交送，常常要花費很多時間。軍機處則不然，一切均由大臣和章京通同辦理，皇帝有諭，隨時奉詔承辦，而且必須當日事當日畢。
3、嚴格保密
軍機處在清代初設階段，由於無保密制度，時有部院官以啟事畫稿為名，偵探訊息傳播街市，目為新聞。造成清廷許多軍國要事的嚴重洩密，其後果是可想而知的。這嚴酷的教訓，使清代軍機處不得不對保密規制進行強行規定。
