蜂蜜變黑是不能吃的，當蜂蜜變質後才會變黑。蜂蜜變黑通常是與蜂蜜中的雜質有關，也可能是蜂產品受汙染，比如一些生產廠家用鐵桶盛裝蜂蜜，搖蜜機、加工裝置十幾年不更新，金屬表面鏽蝕，而蜂蜜本身呈酸性，兩者接觸易氧化，使蜂蜜受汙染，或者是由於包裝容器等的原因含量超標，蜂蜜放置在容器內發生了化學反應而變黑。此時不要再食用，因為蜂蜜變質後會滋生很多細菌，食用這樣的蜂蜜會對身體產生一定的危害。
蜂蜜的高滲環境讓腐敗微生物難以生存，但有一類叫做“嗜滲酵母”的微生物能頑強地在蜂蜜中存活下來。如果將買回的蜂蜜開啟後在存放時沒有注意密封，時間久了還會逐漸吸收空氣中的水分，蜂蜜就可能會變質。過期的蜂蜜可能會因為嗜滲酵母發酵而發生變質等問題，這樣的蜂蜜通常只會產生輕微的酸味、酒味，食用會影響口感。
