豆芽發黑了不能吃的，在豆芽生產銷售過程中，新增任何新增劑，豆芽就會和相關新增劑發生反應，變成褐色或黑色。這種受汙染的豆芽，最好不要食用。避免影響到身體健康。特別是豆芽上有發粘現象的，千萬不要吃，那是黃麴黴素，毒性很大，會威脅到身體健康的。
儲存時，首先，將變成褐色的根鬚掐掉，因為上面易沾細菌。然後，把豆芽用清水洗淨，放入開水中焯1至2分鐘後撈起，這樣更能保住水分。控幹水後，再把豆芽放入保鮮袋中，儘量排出袋內空氣，密封儲存。最後，再放入冰箱冷藏。不同的豆芽儲存的時間長短也不一樣的。黃豆芽儲存的時間較長，綠豆芽則較短。
