磷酸二酯鍵和肽鍵相同處是磷酸二酯鍵形成時消耗ATP吸收能量
應為：利用NAD或ATP中的能量催化兩個核酸鏈之間形成磷酸二酯鍵。
反應過程可分三步：
(1)NAD 或ATP將其腺苷醯基轉移到DNA連線酶的一個賴氨酸殘基的ε—氨基上形成共價的酶-腺苷酸中間物，同時釋放出煙醯胺單核苷酸(NMN)或焦磷酸。
(2)將酶-腺苷酸中間物上的腺苷醯基再轉移到DNA的5'-磷酸基端，形成一個焦磷醯衍生物，即DNA-腺苷酸;
(3)這個被啟用的5'-磷醯基端可以和DNA的3'-OH端反應合成磷酸二酯鍵，同時釋放出AMP。
肽鍵水解這是吸收能量的，然後生成新鍵，這是放出能量的。
