大豆蛋白對於肝臟疾病患者、痛風病人、3歲以下的孩子這類人是不能吃的。肝臟疾病患者由於肝臟對蛋白質的加工、利用出現障礙，應適當增加蛋白質的攝人量。但對於肝昏迷、肝硬化晚期患者，供給過多蛋白質會增加肝臟負擔，加劇病情，應限制動物蛋白。腎臟疾病患者要嚴格限制蛋白質的攝人量，並且要以含9種必需氨基酸的蛋白質為主，蛋白質的量要限制在20—40克/天。痛風病人要避免食用以大豆蛋白為主要成分的蛋白質粉。因為大豆中的嘌呤，可以造成體內尿酸增高，促成或加重痛風。此外，3歲以下的孩子不宜吃。嬰兒的最好營養品是母乳。如果孩子由於各種原因不能吃母乳，應該選擇相應月齡或年齡的配方奶粉，而不應該吃蛋白質粉，因為後者的蛋白質組成並不適合幼齡兒童，也不利於孩子的消化吸收，吃了以後很有可能會引起嘔吐、腹瀉或過敏。
