目前，轉基因技術廣泛應用於醫藥、工業、農業、環保、能源、新材料等領域。轉基因技術的第一個浪潮是醫藥轉基因技術，如應用轉基因技術生產重組疫苗、抑生長素、胰島素、干擾素、人生長激素等。
轉基因技術在工業中的應用主要包括纖維素的開發利用、食品工業和新型抗生素的生產等，在食品工業方面，又主要有利用轉基因技術及產品用於乳製品發酵、單細胞蛋白質及釀酒工業等。轉基因技術的第二個浪潮發生在農業領域，包括農業轉基因動物、植物及微生物的培育，特別是轉基因作物發展速度最快，培育了一批具有抗蟲、抗病、耐除草劑等性狀的轉基因作物，目前轉基因技術正在朝著改善農藝性狀如光合效率、肥料利用效率、抗旱耐鹽和改善品質等方向發展。
