1、以微生物作為目標反應的實現者，反應過程中既涉及特異的化學反應的實現又涉及生命個體的生長髮育及代謝，生物反應機理非常複雜，較難控制，反應液中雜質也多，不容易提取和分離；
2、反應通常在需溫常壓下進行，條件溫和、能耗小、裝置較簡單；
3、原材料來源豐富、價格低廉，過程中廢物的危害性較小，但原科成分往往難以控制，給產品質量管理帶來一定影響；
4、由於活的生命體參加反應，受微生物代謝特徵的限制，不能時高滲透壓，高濃度底物或產物易導致酶活下降，反應液中底物濃度不應過高，產物濃度不應過高，導致生產能力下降，裝置體積龐大；
5、微生物參與制藥反應能夠高度選擇地進行復雜化合物在特定部位進行氧化、還原、脫氫、脫氨及引入或去除等反應，易產生複雜的高分子化合物。
