冷藏保鮮法。雙孢菇採後經挑選分級，用清水沖洗乾淨，為防止菇色發黃或變褐，可放入0.01%焦亞硫酸鈉水溶液中漂洗3～5分鐘，然後迅速用冷水對菇體進行預冷處理，瀝乾水分，裝於通氣的塑料筐中，放入0～3℃、相對溼度90%～95%的冷庫中儲藏，注意通風換氣，此法可保鮮8～10天。
冰藏保鮮法。在寒冷的季節通過收集天然冰塊，在溫暖的季節則利用機械製冷獲取冰塊進行保鮮存放；一般採用矽窗袋包裝雙孢菇，調整袋內二氧化碳和氧氣濃度，再放入留有通氣孔的包裝箱內。
速凍保鮮法。在100℃的沸水中新增0.3%檸檬酸，按100千克沸水一次投入15千克鮮菇，燙煮1.5～2.5分鐘，並隨時攪動使菇體受熱均勻，體表呈淡黃色，具有彈性和光澤，熟而不爛。燙煮後的菇體及時用10～20℃的冷水衝淋，再移入3～5℃流動冷水池中繼續降溫，然後送至冷庫，並使凍菇的中心溫度保持在-18℃以下，此法可長時間保持雙孢菇原有的品質與風味。
