雙孢菇採後經挑選分級，用清水沖洗乾淨，為防止菇色發黃或變褐，可放入0.01%焦亞硫酸鈉水溶液中漂洗3～5分鐘。迅速用冷水對菇體進行預冷處理，儘快降至0～3℃。瀝乾水分，裝於通氣的塑料框中，放入溫度0～3℃、相對溼度90%～95%的冷庫中貯藏，注意通風換氣。此法可保鮮8～10天。
雙孢菇經漂洗分級後，瀝乾水分，冷卻後每1千克分裝於0.025毫米的塑料袋內，可自動調整袋內氣體組分，使氧氣含量為1%左右，二氧化碳含量為2%～5%，此時，菇體生長受到抑制，開傘少，菇色潔白。此法室溫下可保鮮7天。如時間過長，袋內二氧化碳含量過高，會影響菇的風味，可在塑料袋上扎6～8個針眼大的孔，以促進氣體交換。
