轉基因大豆與普通大豆的區別首先看形狀，非轉基因大豆的形狀是橢圓形的，有點扁。而轉基因大豆的形狀是滾圓形的。
看顏色，轉基因黃豆顏色一般都統一黃色，沒有明顯深淺變化，也沒有黃綠自然漸變；由於非轉基因黃豆有生豆到熟豆的過程中，顏色有青綠色到黃色自然變化，有個別黃豆沒有完全成熟就被收割了，這些嫩黃豆就帶點綠色和偏綠色。
看發芽縫，非轉基因大豆有明顯的發芽縫，俗稱“肚臍眼”。轉基因大豆也有發芽縫，但不明顯。因為他的肚臍眼顏色跟豆身顏色基本一樣。所以沒有明顯的異色肚臍眼。
看顆粒之間的大小，非轉基因大豆顆粒與顆粒之間的大小都不怎麼一樣。而轉基因大豆的大小都基本一樣，像一個模子刻出來一樣，沒有明顯大小區別。
看個頭大小，非轉基因黃豆一般比轉基因黃豆個頭大。
看蟲蛀。由於轉基因大豆轉入了抗蟲抗藥的基因，所以轉基因大豆通常形態整潔，幾乎看不到任何蟲蛀痕跡，而非轉基因大豆若卻很容易生蟲。
