櫻桃長期儲存是個難題。目前並沒有較好的長期儲存櫻桃的方法，櫻桃長期儲存也會導致其營養價值的流失。關於櫻桃的儲存，通常櫻桃最多儲存5—7天，超過一週就會腐爛，建議不要用塑料袋或塑料盒來裝櫻桃，因為其透氣性不好，最好用紙盒來盛放。
櫻桃存放在冰箱裡最好，因為櫻桃怕熱，適合的溫度在2℃—5℃，這樣才能保持櫻桃鮮嫩的口感。
儲存時應該帶著果梗儲存，否則極易腐爛。
應季吃新鮮的櫻桃，非應季時也有很多辦法吃到應季的櫻桃。現在多買一些，不但能生吃，還可以拿一部分用來泡酒、做果醬、做罐頭或是冷凍起來。這樣即使在寒冷的冬天，也能品嚐到夏季的美味櫻桃。
