有呼吸作用，但是不能完全等同於其分解作用。微生物的呼吸作用只能在細胞內進行，而微生物的分解作用還可以在細胞外進行，如微生物酶分泌到細胞外，對細胞外的營養物質進行消化，然後吸收微生物所需的營養。
呼吸作用
生物的生命活動都需要消耗能量，這些能量來自生物體內糖類、脂類和蛋白質等有機物的氧化分解。生物體內有機物在細胞內經過一系列的氧化分解，最終生成二氧化碳、水或其他產物，並且釋放出能量的總過程，叫做呼吸作用（又叫生物氧化）。
呼吸作用，是生物體細胞把有機物氧化分解併產生能量的化學過程，又稱為細胞呼吸。無論是否自養，細胞內完成生命活動所需的能量，都是來自呼吸作用。真核細胞中，線粒體是與呼吸作用最有關聯的胞器，呼吸作用的幾個關鍵性步驟都在其中進行。
呼吸作用是一種酶促氧化反應。雖名為氧化反應，不論有無氧氣參與，都可稱作呼吸作用（這是因為在化學上，有電子轉移的反應過程，皆可稱為氧化還原反應）。有氧氣參與時的呼吸作用，稱之為有氧呼吸；沒氧氣參與的反應，則稱為無氧呼吸。
