在民事案件中，如果當事人對管轄權有異議，那麼應該在案件審判期間，進行異議提出，法院會對當事人提出的異議立即審查。如果異議成立，那麼有關審查部門會將案件移送給有管轄權的人民法院。如果異議不成立，那麼裁定部門就會將異議駁回。如果認為此法院不可以行使管轄權，那麼可以申請向上一級人民法院進行裁決。
法律依據：《人民法院辦理刑事案件庭前會議規程(試行)》第十一條：被告人及其辯護人對案件管轄提出異議，應當說明理由。人民法院經審查認為異議成立的，應當依法將案件退回人民檢察院或者移送有管轄權的人民法院；認為本院不宜行使管轄權的，可以請求上一級人民法院處理。人民法院經審查認為異議不成立的，應當依法駁回異議。
