首先，對申請人提起職能管轄權異議的，不涉及到法院的，正在進行管轄的偵查機關將此異議移交同級法院審查，異議成立的，同級法院裁定將案件移送有管轄權的偵查機關處理，異議不成立的，駁回當事人的申請。
其次，對申請人提起審判管轄權異議以及涉及到法院的職能管轄權異議的，正在進行管轄的司法機關的上一級法院經過審查後，應當用裁定書認可管轄權異議成立並作出移送案件的裁定，或用裁定書駁回異議。
【法律依據】
《民事訴訟法》第一百二十七條規定，人民法院受理案件後，當事人對管轄權有異議的，應當在提交答辯狀期間提出。人民法院對當事人提出的異議，應當審查。異議成立的，裁定將案件移送有管轄權的人民法院;異議不成立的，裁定駁回。當事人未提出管轄異議，並應訴答辯的，視為受訴人民法院有管轄權，但違反級別管轄和專屬管轄規定的除外。
