管轄權異議是可以收費的，只是大部分法院一般是不收費的。國務院頒佈的《訴訟費用交納辦法》十三條第一款第六項：當事人提出案件管轄權異議，異議不成立的，每件交納50元至100元。
根據我國《訴訟費用交納辦法》第四十五條，當事人申請司法救助，符合下列情形之一的，人民法院應當准予免交訴訟費用：
(一)殘疾人無固定生活來源的；
(二)追索贍養費、扶養費、撫育費、撫卹金的；
(三)最低生活保障物件、農村特困定期救濟物件、農村五保供養物件或者領取失業保險金人員，無其他收入的；
(四)因見義勇為或者為保護社會公共利益致使自身合法權益受到損害，本人或者其近親屬請求賠償或者補償的；
(五)確實需要免交的其他情形。
