公司的資料是企業經營者的重要經營資訊、商業祕密和無形資產，員工故意毀壞公司資料是破壞生產經營的行為，如果造成較重大損失或者其他嚴重後果，可以按破壞生產經營罪追究刑事責任。
《刑法》第二百七十六條規定，由於洩憤報復或者其他個人目的，毀壞機器裝置、殘害耕畜或者以其他方法破壞生產經營的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情節嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑。
《最高人民檢察院、公安部關於公安機關管轄的刑事案件立案追訴標準的規定（一）》第三十四條規定了破壞生產經營罪的應予立案標準：
第（一）造成公私財物損失五千元以上的；
第（二）破壞生產經營三次以上的；
第（三）糾集三人以上公然破壞生產經營的；
第（四）其他破壞生產經營應予追究刑事責任的情形。
