所有咖啡的組成成分都大致相同，因此無法比較喝哪種咖啡最健康，但喝咖啡的方式不同會對人的健康產生不同的影響，具體如下：
空腹喝咖啡，容易刺激腸胃，影響胃功能的吸收和消化，對心臟也會有影響，使心臟負擔加重，長期空腹飲用咖啡會有損健康。喝咖啡不要過多，少量咖啡因可刺激人的腦神經，使人更加清醒，提高工作和學習的效率，也可使人心情愉悅，還可刺激腸胃加快蠕動，加快新陳代謝，但過猶不及，飲用過多會損傷健康。下午儘量不要喝咖啡，因為喝完咖啡後，咖啡在體內的作用時間會很長，尤其是老年人新陳代謝緩慢，咖啡在體內停留的時間更長，易造成失眠。吸菸飲酒時不要喝咖啡，若吸菸時喝咖啡，菸草和咖啡都會刺激血管，致使血管硬化，增加心臟負擔；而喝酒時酒精具有興奮作用，咖啡也有興奮的作用，同飲對人的刺激過大；因此喝酒和抽菸時喝咖啡都可能對心臟造成損害，嚴重時會引起心悸和引起心臟病。
