蒲瓜苦的不能吃，苦蒲瓜含有一種糖苷毒素，這種毒素受熱後不易破壞分解，高溫煮熟後仍有毒性，食用後會刺激消化系統，導致其功能紊亂，表現為噁心、嘔吐、腹絞痛、腹瀉、腹脹等症狀。
蒲瓜有普通蒲瓜和苦蒲瓜之分，產生苦味蒲瓜的原因有兩個，一是品種間雜交引起遺傳性變化，例如兩個不同品種的蒲瓜植株種在一起或種植距離過近，開花後兩個不同品種的花粉雜交，若將雜交的蒲瓜留種，那顆種子所產出的蒲瓜均為苦蒲瓜；二是蒲瓜生長過程中受異常氣候及土壤等因素影響，其實所有蒲瓜本身都帶有苦味，倘若氣候、土壤等外界因素正常，成熟後苦味消失，但若出現持續陰雨或低溫等特殊天氣，則會產出苦蒲瓜。
