農家肥必須發酵，發酵不必過長雞糞發酵兩週，豬糞發酵三週，牛糞發酵四周，牛糞發酵必須摻一些雜物。因為牛糞細空氣少不易發酵。在發酵過程中必須倒個，在發酵三四天糞內溫度會很高，以後溫度會降下來，降下來時倒個，不要發酵太長。具體原因如下：
1、農家肥發酵可以通過高溫殺死部分寄生菌，寄生蟲卵，以及部分傳染疾病的傳病因子。同時，高溫發酵能將牲畜糞便以及綠肥中的部分雜草種子失活。增強蔬菜的抗病蟲和抗旱能力，大大降低硝酸鹽的積累，提高維生素C含量，改善蔬菜的品質；
2、農家肥發酵是一個微生物降解有機物的過程，包括有氧呼吸和無氧呼吸。它的主要作用就在於通過微生物的呼吸作用將有機物降解為植物可吸收成分，包括C、N、P、K等肥料。同時，通過呼吸作用，降解大部分氮素，使其成為能被植物吸收的狀態存在；
3、農家肥若不經過發酵降解而直接施用於土壤，會在土壤中發酵降解。而發酵過程是一個高溫作用的呼吸作用過程，容易造成植物的燒苗；
4、部分牲畜糞便質地比較細密，中間孔隙少，空氣存留少，容易引起土壤板結。導致土壤表層儲水效能降低，植物根系吸收水分與肥料功能降低。從而影響植物生長。
