去除燕窩的蛋清味可以將燕窩存放一段時間，讓其自然風乾或放入冰箱儲存，隨著時間的推移，燕窩的味道會慢慢變淡。燕窩之所以有這種味道，是因為燕屋一般為全水泥結構或防腐木結構，外牆上通常會開一些較小的視窗，供金絲燕外出覓食之用。燕屋封閉性較好，透氣能力、光線較差，因此燕屋內的溫度常年要保持30℃，空氣溼度大於90%，在這樣的環境下燕窩會有淡淡的黴味。金絲燕居住環境比較特殊，喜歡在潮溼的環境中生活，燕窩就是在這種環境中生成，為了更加適應金絲燕的居住，燕屋內常常會安裝一些加溼器或噴水設施，在這樣的環境中燕窩會產生輕微的蛋清味，遇水會更濃郁。
