馬克筆的顏料屬於油性顏料，因此馬克筆的畫是無法與水相容，同時，油性顏料的物質密度低於水的密度，導致馬克筆的顏料會浮現在水面之上，還有前提條件，需要在瓷器、鏡子或光滑不易粘連油性顏料的物體作畫，馬克筆的畫才會分離，形成水面畫作。
馬克筆的色彩種類較多，通常多達上百種，且色彩的分佈按照常用的頻度，分成幾個系列，其中有的是常用的不同色階的灰色系列，使用非常方便。一般按照動漫、室內、建築、服裝等不同的種類，有不同的顏色搭配，色彩選擇有24色，30色，36色，40色，60色，80色，168色，202色，262色。根據需求的增加，顏色種類已經增至上千種。它的筆尖一般有粗細多種，還可以根據筆尖的不同角度，畫出粗細不同效果的線條來
