非普通住宅契稅適用稅率都為3%。以上海市為例，根據《上海市人民政府批轉市財政局關於本市貫徹〈中華人民共和國契稅暫行條例〉若干意見的通知》第三條規定，本市契稅的適用稅率為3%。個人在本市購買商品房、受贈商品房、交換商品房的，即不論普通是住宅還是非普通住宅，契稅適用稅率都為3%。有特殊情況可進行免徵。
出現下列情況的住在可按國家規定減徵契稅：
1、個人購買90平方米及以下普通住房，且該住房屬於其家庭唯一住房的，契稅稅率減按1%。
2、個人購買90平方米以上普通住房，且該住房屬於其家庭唯一住房的，契稅稅率減按1.5%。
3、個人購買經濟適用住房契稅稅率減按1.5%；購買90平方米及以下的經濟適用住房，且為家庭唯一住房的，契稅稅率減按1%。
普通住宅和非普通住宅契稅的適用稅率，由省、自治區、直轄市人民政府在前款規定的幅度內按照本地區的實際情況確定，並報財政部和國家稅務總局備案。
