羊肚菌按不同長度進行剪柄後，排放於烘篩上，將烘篩推入烘乾機烘箱內，緊閉箱門開始點火起烘。脫水初期溫度不能低於30℃，最好是32℃起烘。在40℃～50℃的範圍內烘6小時。停火1小時後，再在45℃～50℃熱風溫度條件下，脫水6小時。停火2小時，進行檢羊肚菌。最後在50℃～60℃下脫水直到烘乾為止。
在烘製時不宜升溫太快，每小時升溫不能超過3℃～5℃。驟然升溫會引起羊肚菌體急劇收縮，造成羊肚菌蓋向外倒卷並變黑，嚴重影響羊肚菌幹品質。在烘製過程中，檢羊肚菌也是不可忽視的環節。因為羊肚菌肉厚薄不一，其含水量差別很大，對烤制時間要求自然不一。所以在第二次停火後，就必須逐篩進行檢查，發現已烘乾的應先撿起放入塑料袋內，未乾的推入箱內繼續再烘。這樣可防止部分羊肚菌因烤制過度而變焦，影響幹羊肚菌的品質。
