扇貝中有兩種型別的肉，一種是扇貝的內斂肌，呈白色，很有肉感，另一種則是分佈在內斂肌周圍的肉，紅色且很柔軟。通常，扇貝中的肉只取內斂肌作為食材，而周圍紅色的肉則被丟棄。
在食用扇貝時只吃扇貝中呈圓形的貝柱部分，不要吃內臟。扇貝本身是安全的水產品，扇貝是濾食性生物，靠吸收海水中的藻類和微生物生長，若其生長環境汙染或有毒藻類暴發，其內臟就會攝入這些物質。海產貝類含有毒素或重金屬一般與“赤潮”和“海水受汙染”有關。
扇貝可以食用的部位是開啟貝殼的殼內肌和生殖腺，大大的殼內肌為白色，味道鮮美可口。生殖腺部位的肉稍微呈片狀，每當春末生殖腺成熟的時候，雌性扇貝的生殖腺變為漂亮的紅色，而雄性扇貝的生殖腺則變成乳白色。
