第一、缺少“五證”。“五證”是購房者獲得房產證的必要條件。小產權房是沒有產權的，不受法律保護。
第二、拆遷難補償。小產權房屬於政府規定範圍以外的違章建築，如果與國家規劃衝突，可能被拆除，業主也難以得到拆遷安置。
第三、質量難以保證。再房屋建設過程中，質量沒人監督，建築過程中會偷工減料，存在安全隱患，入住之後物業管理也容易出現問題。
第四、配套不完善。部分房子沒有天然氣、暖氣等配套設施。
一旦出現糾紛，可能會斷水斷電。
第五、遺贈麻煩。由於缺乏產權，在遺產繼承時會有很多問題。
第六、小產權房不能參與市場交易(抵押或轉賣)。
